Jedes primäre Lipoprotein ist durch das Vorhandensein eines individuellen Proteins (Apolipoprotein) gekennzeichnet, das nur ihm eigen ist. Apolipoproteine werden mit lateinischen Buchstaben bezeichnet, und einige von ihnen stellen eine Proteinfamilie dar und werden zusätzlich durch Zahlen bezeichnet (z. B. Apo-A1, Apo-A2 usw.).