Die funktionelle MRT basiert auf der erhöhten Durchblutung des Gehirns als Reaktion auf eine erhöhte neuronale Aktivität im Kortex, wenn dieser einem entsprechenden Reiz ausgesetzt wird. Durch die Kartierung der Gehirnaktivität können wir Bereiche neuronaler Aktivierung identifizieren, die als Reaktion auf Stimulation (motorische, sensorische und andere Reize) entstehen.