Die Bestimmung von Antikörpern gegen die mikrosomale Fraktion der Schilddrüse dient der Diagnose von Autoimmunthyreoiditis und Hypothyreose, bei denen der Antikörperspiegel im Blut ansteigt. Antikörper gegen Schilddrüsenmikrosomen bilden Immunkomplexe auf der Zelloberfläche, aktivieren Komplement und zytotoxische Lymphozyten, was zur Zellzerstörung und zur Entstehung eines Entzündungsprozesses in der Schilddrüse führt.