H. influenzae sind gramnegative, pleomorphe, stäbchen- oder kokkenförmige Zellen mit den Abmessungen (0,2–0,3) x (0,5–2) µm. Sie befinden sich einzeln oder paarweise in Ausstrichen, manchmal auch in Form kurzer Ketten und Gruppen. Auf dichtem Medium bilden sie kleine (bis zu 1 mm Durchmesser), runde, farblose Kolonien. Mikroorganismen sind unbeweglich und bilden keine Sporen, jedoch ist die Bildung von Kapselformen möglich, mit denen pathogene Eigenschaften verbunden sind. Der Erreger produziert Endotoxin, dessen Träger als Kapselpolysaccharide gelten.