Der Erreger der durch Zecken übertragenen viralen Enzephalitis gehört zur Gattung der Flaviviren. Das Virion ist kugelförmig, hat einen Durchmesser von 40–50 nm, enthält RNA und vermehrt sich gut in vielen Gewebekulturen. Von den Labortieren reagieren weiße Mäuse, Hamster, Affen und Baumwollratten am empfindlichsten auf das Virus. Auch viele Haustiere sind anfällig für das durch Zecken übertragene Enzephalitis-Virus.