Meningokokken sind gramnegative kugelförmige Zellen mit einem Durchmesser von 0,6–0,8 µm. In Abstrichen von Patientenmaterial haben sie die Form einer Kaffeebohne und befinden sich oft paarweise oder tetradisch oder zufällig, oft in Leukozyten – unvollständige Phagozytose.