Für einige Arten von Autoimmunhepatitis gibt es keine eindeutig identifizierte Ursache, während andere mit bekannten Substanzen wie Thiensäure (einem Diuretikum) oder mit Krankheiten wie Hepatitis C und D in Verbindung gebracht werden. Im Allgemeinen weist eine Autoimmunhepatitis mit unbekannter Ätiologie ein dramatischeres klinisches Bild auf, mit höherer Transaminaseaktivität und höheren γ-Globulinwerten im Serum, einer Leberhistologie, die auf eine höhere Aktivität als in Fällen mit bekannter Ätiologie hindeutet, und einem besseren Ansprechen auf eine Kortikosteroidtherapie.