Der Nachweis des Erregers ist für die Bestätigung der Diagnose einer Pneumozystose von entscheidender Bedeutung. Das Hauptmaterial für die Untersuchung sind Sputum, Bronchialsekret, Spülungen aus Bronchial- oder Bronchoalveolarlavage sowie Lungengewebestücke aus transbronchialen, perkutanen oder offenen Biopsien. Aufgrund des ernsten Zustands des Patienten werden diese Manipulationen meist nicht durchgeführt, um Komplikationen zu vermeiden.