Die Behandlung einer Meningokokkeninfektion richtet sich nach der klinischen Form der Erkrankung. Bei einer Nasopharyngitis erfolgt die Therapie symptomatisch. Bei bakteriologischer Bestätigung der Diagnose werden Benzylpenicillin, Ampicillin, Cephalosporine der ersten und zweiten Generation, Chloramphenicol und Pefloxacin in durchschnittlichen therapeutischen Dosen über drei Tage angewendet. Cotrimoxazol und Aminoglykoside sollten nicht angewendet werden, da die meisten derzeit existierenden Meningokokkenstämme gegen diese resistent sind.