Die klinische Diagnose ist nur bei einer Lobärpneumonie zuverlässig, die Wahrscheinlichkeit einer Pneumokokken-Ätiologie bei ambulant erworbener Pneumonie, Otitis oder Sinusitis liegt jedoch bei 60–80 %. Die Diagnose kann nur anhand der Ergebnisse der mikrobiologischen Untersuchung des entsprechenden Biosubstrats verifiziert werden: bei Rhinitis – Nasenausfluss (Abstrich), bei Otitis oder Sinusitis – eitriges Exsudat, bei Pneumonie – Auswurf, bei Meningitis – Zerebrospinalflüssigkeit.