Klinisch kann die Diagnose einer Shigellose nur bei einer typischen kolitischen Variante der Erkrankung gestellt werden. Um die Diagnose in Fällen zu klären, die nicht durch Labortests bestätigt wurden, wird eine Rektoskopie durchgeführt, die in allen Fällen einer Shigellose ein Bild einer Kolitis (katarrhalisch, hämorrhagisch oder erosiv-ulzerativ) mit einer Schädigung der Schleimhaut des distalen Dickdarms, oft einer Sphinkteritis, zeigt.