Die Ernährungstherapie ist die Grundlage der Behandlung von Nahrungsmittelallergien. Stillen mit einer hypoallergenen Ernährung ist für Kinder mit Nahrungsmittelallergien optimal. Wenn die Mutter keine Milch hat und allergisch auf Kuhmilch reagiert, werden Sojanahrungen (Alsoy, Bonasoya, Frisosoy usw.) verwendet. Bei Sojaunverträglichkeit werden Nahrungen auf Basis von Produkten mit hoher Proteinhydrolyse (Alfare, Alimentum, Pepti-Junior usw.) und partieller Hydrolyse von Milcheiweiß (Humana, Frisopep) verwendet.