Der Erreger der Pest ist ein gramnegatives, kleines, polymorphes, unbewegliches Stäbchenbakterium (Yersinia pestis) aus der Familie der Enterobacteriaceae der Gattung Yersinia. Es besitzt eine Schleimkapsel und bildet keine Sporen. Es ist fakultativ anaerob. Es färbt sich mit bipolaren Anilinfarbstoffen (intensiver an den Rändern). Es gibt Varianten des Pestbakteriums bei Ratten, Murmeltieren, Taschenratten, Feld- und Rennmäusen.