Vor mehr als 10 Jahren wurde ein Gen entdeckt, dessen Mutationen zur Entwicklung der HIGM1-Form der Krankheit führen. 1993 wurden die Ergebnisse der Arbeit von fünf unabhängigen Forschungsgruppen veröffentlicht, die zeigten, dass Mutationen im CD40-Ligandengen (CD40L) ein molekularer Defekt sind, der der Xt-chromosomalen Form des Hyper-IgM-Syndroms zugrunde liegt. Das Gen, das für das Protein gp39 (CD154) – CD40L kodiert, befindet sich auf dem langen Arm des X-Chromosoms (Xq26-27). Der CD40-Ligand wird auf der Oberfläche aktivierter T-Lymphozyten exprimiert.